南京六部中以兵部和户部两部实力最强，南京兵部掌管南直、江西、湖广、浙江四省卫军调动，户部则是统管这四省的赋税，其他四部吏部只管南直一地官员选拔任用，而南京工部则要管四省事务，但权力要小很多，刑部和吏部一样，只有礼部是纯粹的养老赋闲的所在。